Ogłoszenie o rekrutacji specjalnej do Wrocławskiej Szkoły Doktorskiej Instytutów Polskiej Akademii Nauk w Instytucie Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN we Wrocławiu na doktoranta oraz stypendystę w projekcie badawczym NCN w ramach konkursu OPUS 22

INSTYTUCJA: Instytut Immunologii i Terapii Doświadczalnej Polskiej Akademii Nauk im Ludwika Hirszfelda PAN

MIASTO: Wrocław

STANOWISKO: Doktorant w projekcie badawczym NCN

DYSCYPLINA NAUKOWA: nauki biologiczne lub medyczne

DATA OGŁOSZENIA: 16.12.2022 r.

TERMIN SKŁADANIA DOKUMENTÓW: 15.01.2023 r.

DATA ROZSTRZYGNIĘCIA KONKURSU: 31.01.2023 r.

LINK DO STRONY WSD IPAN: http://wsdipan.intibs.pl

LINK DO STRONY IITD PAN: www.hirszfeld.pl

SŁOWA KLUCZOWE: endometrioza, obróbka antygenu HLA klasy I, aminopeptydazy siateczki śródplazmatycznej ERAP1, ERAP2 oraz LNPEP.

 

Wrocławska Szkoła Doktorska Instytutów Polskiej Akademii Nauk ogłasza rekrutację specjalną na doktoranta oraz stypendystę w projekcie badawczym pt. „Elementy maszynerii obróbki antygenu HLA klasy I jako czynniki zaangażowane w patomechanizm i przebieg endometriozy”, realizowanego na zlecenie Narodowego Centrum Nauki (grant nr 2021/43/B/NZ5/00328) w Laboratorium Immunogenetyki i Immunologii Tkankowej, w Instytucie Immunologii i Terapii Doświadczalnej Polskiej Akademii Nauk we Wrocławiu.

Oferujemy pracę w specjalistycznej placówce badawczej, umożliwiającej uzyskanie stopnia doktora nauk biologicznych lub medycznych.

Opis projektu badawczego

Badania oraz praca doktorska będą realizowane w ramach projektu badawczego: „Elementy maszynerii obróbki antygenu HLA klasy I jako czynniki zaangażowane w patomechanizm i przebieg endometriozy” realizowanego na zlecenie Narodowego Centrum Nauki (grant nr 2021/43/B/NZ5/00328).

Streszczenie projektu:

Endometrioza jest wyniszczającą chorobą ginekologiczną, definiowaną jako obecność komórek endometrium w nieprawidłowej lub ektopowej lokalizacji poza jamą macicy. Najczęściej dotknięte miejsca to otrzewna miednicy, jajniki, więzadła maciczno-krzyżowe i przegroda odbytniczo-pochwowa. Nieprawidłowa tkanka reaguje na stymulację hormonalną, podlega cyklicznemu wzrostowi i złuszczaniu się podobnie jak odpowiednio zlokalizowana tkanka endometrium w macicy. Typowe objawy endometriozy to: bolesne miesiączki i owulacja, silne skurcze miednicy, obfite krwawienie, ból podczas seksu, oddawaniu moczu i bóle jelit, krwawienie i ból między miesiączkami. Endometrioza występuje u około 10–15% kobiet w wieku rozrodczym, u 20–50% kobiet z niepłodnością i 71–87% kobiet z przewlekłym bólem miednicy. Na diagnozę kobiety czekają średnio 8–10 lat. Podstawową metodą rozpoznawania endometriozy jest laparoskopia (zwana złotym standardem), polegająca na wycięciu zmian endometrialnych. W leczeniu objawowej endometriozy stosuje się hormonoterapię i leki przeciwbólowe, jednak endometrioza często powraca. Dlatego ważne jest kompleksowe i zindywidualizowane podejście do pacjentki oraz znalezienie nieinwazyjnego markera diagnostycznego choroby. Zaproponowano wiele teorii wyjaśniających patogenezę endometriozy. Za najbardziej akceptowaną uważa się teorię Sampsona dotyczącą wstecznej miesiączki. Teoria ta zakłada, że ​​endometrioza występuje z powodu wstecznego przepływu komórek endometrium przez jajowody podczas menstruacji. Jednak wykazano, że proces ten zachodzi u 90% kobiet, podczas gdy endometriozę rozpoznaje się tylko u 10% z nich. Oznacza to, że musi istnieć mechanizm, który blokuje układ odpornościowy kobiety przed usuwaniem komórek endometrium, zaburza jego funkcję, prowadząc do zagnieżdżenia się ektopowego endometrium i powstania zmian. Celem tego projektu jest zbadanie roli polimorfizmów genów i ich produktów białkowych zaangażowanych w tzw.: „procesowanie” antygenu HLA klasy I - ERAP1, ERAP2, LNPEP, TAP1, TAP2, LMP2, LMP7, LMP10 i tapazyny w endometriozie. Być może polimorfizm proponowanych genów wpływających na ekspresję białek, ich aktywność i swoistość substratową może mieć związek z predyspozycją do endometriozy i jej ciężkością. Allele HLA klasy I będziemy badać na poziomie wysokiej rozdzielczości metodą NGS. Planujemy również zbadać wybrane mikroRNA jako negatywne regulatory ekspresji proponowanych cząsteczek, jak i status metylacji promotora wybranych genów. Przebadamy pacjentki z endometriozą i  kobiety kontrolne bez endometriozy. Ponadto, metodami immunohistochemicznymi będziemy badać ekspresję tych białek i HLA klasy I w tkankach dotkniętych ektopowym endometrium, a także ekspresję odpowiednich miRNA metodą Real-Time PCR. Niemożność tworzenia prawidłowych kompleksów HLA klasy I z odpowiednimi peptydami może skutkować brakiem odpowiedzi immunologicznej komórek CD8 + i NK, przyczyniając się do implantacji ektopowego endometrium i rozwoju endometriozy. Ponieważ istnieją badania potwierdzające złuszczanie z powierzchni komórek prozapalnych receptorów cytokin, takich jak TNFRα przez ERAP, chcemy również sprawdzić, jak poziom tych aminopeptydaz wpłynie na status pro- i przeciwzapalny pacjentek z endometriozą. Zbadamy poziom ERAP1, ERAP2 i LNPEP oraz profil pro- i przeciwzapalny w osoczu pacjentek i płynie otrzewnowym. Stężenie aminopeptydaz będzie badane metodą ELISA, natomiast poziom cytokin pro- i przeciwzapalnych poprzez badanie wielu cytokin naraz na aparacie Luminex. W następnym etapie badań określimy ekspresję HLA klasy I na komórkach CD8 + i NK we krwi obwodowej (metodą cytometrii przepływowej), aby sprawdzić, czy ekspresja HLA klasy I jest zmieniona u pacjentek w porównaniu ze zdrowymi kobietami. Być może nasze badania przyczynią się do zrozumienia mechanizmów związanych z rozwojem endometriozy, a tym samym pomogą w leczeniu tych pacjentek. W końcowym etapie projektu planujemy stworzenie algorytmu przewidującego u pacjentek czy rozwinie ona postać łagodną czy zaawansowaną choroby. Algorytm ten powstanie z użyciem metod sztucznej inteligencji i uczenia maszynowego.

Warunki jakie powinien spełniać Kandydat:

  • Do konkursu przystąpić może jedynie osoba nieposiadająca stopnia naukowego doktora i nie będąca uczestnikiem szkoły doktorskiej;
  • Do konkursu może przystąpić osoba, która uzyska tytuł magistra biologii, biotechnologii lub innych kierunków pokrewnych przed 31.01.2023 r.
  • Mile widziana osoba ze znajomością metod biologii molekularnej oraz testu ELISA.

Podstawy prawne rekrutacji


Rekrutacja prowadzona jest zgodnie z ustawą z dnia 20 lipca 2018 r. Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce, Zasadami Rekrutacji do Wrocławskiej Szkoły Doktorskiej Instytutów Polskiej Akademii Nauk oraz - w odpowiednim zakresie - Regulaminem przyznawania stypendiów naukowych w projektach badawczych finansowanych ze środków Narodowego Centrum Nauki z dnia 14.03.2019 r., którego aktualny tekst jednolity stanowi załącznik do uchwały Rady Narodowego Centrum Nauki  nr 25/2019 z dnia 14 marca 2019 r.

Kryteria oraz sposób oceny Kandydatów:

Podczas rekrutacji zostanie przeprowadzona ocena Kandydata odpowiednio do kryteriów ustalonych dla naboru do Szkoły Doktorskiej oraz w zakresie umożliwiającym przyznanie stypendium naukowego NCN, przy uwzględnieniu całościowej oceny przydatności Kandydata do realizacji zadań przewidzianych w projekcie badawczym pt. „Elementy maszynerii obróbki antygenu HLA klasy I jako czynniki zaangażowane w patomechanizm i przebieg endometriozy”

Obowiązki Doktoranta: 

  • Genotypowanie ERAP1, ERAP2, LNPEP u kobiet z endometriozą i kobiet kontrolnych metodą Real-Time PCR.
  • Testy ELISA dla ERAP1, ERAP2, LNPEP w osoczu i płynie otrzewnowym kobiet chorych i zdrowych.
  • Przygotowywanie próbek DNA do badania HLA klasy I metodą NGS.
  • Badanie metylacji wybranych genów.
  • Opracowywanie wyników badań w celu sprawozdań i prezentacji wyników na konferencjach naukowych.

Stypendium:

Doktorant otrzymywał będzie stypendium doktoranckie ze środków Narodowego Centrum Nauki na podstawie ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. Prawo o szkolnictwie wyższym i  nauce (Dz. U. z 2018 r. poz. 1668 z późn. zm.) oraz na podstawie Regulaminu przyznawania środków na realizację zadań finansowanych przez Narodowe Centrum Nauki w zakresie projektów badawczych, stanowiącego załącznik do uchwały Rady Narodowego Centrum Nauki  nr 49/2020 z dnia 29 kwietnia 2020 r. w sprawie zmiany Regulaminu przyznawania środków na realizację zadań finansowanych przez Narodowe Centrum Nauki w zakresie projektów badawczych i Regulaminem przyznawania stypendiów naukowych w projektach badawczych finansowanych ze środków Narodowego Centrum Nauki z dnia 14.03.2019 r.

Orientacyjna wysokość stypendium doktoranckiego ustalona zgodnie z art. 209 ust. 1 ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. (Dz. U. z 2018 r. poz. 1668 z późn. zm.) aktualnie wyniesie:

  1. 2371,70 zł brutto miesięcznie do miesiąca, w którym zostanie przeprowadzona ocena śródokresowa doktoranta w szkole doktorskiej,
  2. 3653,70 zł brutto miesięcznie po miesiącu, w którym została przeprowadzona ocena śródokresowa doktoranta w szkole doktorskiej.

Stypendium doktoranckie wypłacane będzie po odliczeniu wszystkich składników, zgodnie z obowiązującymi przepisami. W szczególności ze środków przeznaczonych na stypendium doktoranckie powołanym Regulaminem pokryte zostaną koszty obowiązkowego ubezpieczenia społecznego oraz - na wniosek - koszty ubezpieczenia chorobowego.

Jeżeli w toku rekrutacji kandydat spełni również warunki przyznawania stypendiów naukowych, określone w powołanym wyżej Regulaminie, otrzyma dodatkowe świadczenie w formie stypendium naukowego NCN - każdorazowo w kwocie pozostałej po odliczeniu całkowitych kosztów stypendium doktoranckiego rozliczanych w Projekcie od miesięcznego budżetu na wynagrodzenie Doktoranta (odpowiednio do przewidzianego w Projekcie budżetu na ten cel ogółem w wysokości 29 442,48 zł brutto).

Orientacyjna wysokość stypendium naukowego wyniesie 1226,77 zł brutto miesięcznie przez 24 miesiące (do oceny śródokresowej).

Stypendium naukowe wypłacane będzie na podstawie umowy oraz powołanego wyżej Regulaminu przyznawania stypendiów naukowych.

Złożenie podania:

Podania kandydatów o przyjęcie do Szkoły należy składać do dnia 16.01.2023 r. do godz. 15:00:

  • osobiście w siedzibie Szkoły (INTiBS PAN ul. Okólna 2 we Wrocławiu) w godzinach od 9:00 do 15:00, albo
  • elektronicznie na adres (z dopiskiem rekrutacja ENDO), oryginały dokumentów należy dostarczyć przed rozpoczęciem kształcenia.

W celu uzyskania dodatkowych informacji, prosimy o kontakt do dr hab. Izabeli Nowak (e-mail: , tel. 694588061).

Wymagane dokumenty:

  • wniosek o przyjęcie do WSD IPAN wraz z oświadczeniem o zapoznaniu się z regulaminem rekrutacji do WSD IPAN;
  • wypełniony kwestionariusz osobowy zawierający listę publikacji naukowych, stypendiów i nagród, listę konferencji, w których brał udział Kandydat wraz z tytułami i autorami wystąpień, zgodnie z dokumentem Zasady rekrutacji do Wrocławskiej Szkoły Doktorskiej Instytutów Polskiej Akademii Nauk na rok akademicki 2022/23;
  • list motywacyjny zawierający krótki opis zainteresowań i osiągnięć naukowych oraz uzasadnienia zamiaru podjęcia kształcenia w szkole doktorskiej;
  • oświadczenie, że w przypadku przyjęcia do WSD IPAN będzie to jedyna szkoła doktorska, w której kandydat będzie się kształcił;
  • odpis dyplomu potwierdzającego ukończenie studiów bądź zaświadczenie o uzyskaniu tytułu magistra biologii lub biotechnologii
  • odpis (kopię) całego indeksu studiów pierwszego i drugiego stopnia (lub jednolitych studiów magisterskich), albo suplement do dyplomu z ocenami z całych studiów, albo potwierdzone przez dziekanat karty ocen studenta ze wszystkich lat studiów,
  • certyfikat znajomości języka angielskiego na poziomie B2 lub wyższym (nie dotyczy kandydatów, którzy zdali egzamin kończący kurs na tym poziomie w toku studiów),
  • jeden lub więcej listów polecających (wysłanych bezpośrednio na podany poniżej adres);

Klauzula informacyjna:

Na podstawie art. 13 rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) 2016/679 z dnia 27 kwietnia 2016 r. w sprawie ochrony osób fizycznych w związku z przetwarzaniem danych osobowych i w sprawie swobodnego przepływu takich danych oraz uchylenia dyrektywy 95/46/WE (ogólne rozporządzenie o ochronie danych) (Dz. Urz. UE L 119 z 04.05.2016, str. 1), dalej „RODO", informuję, że:

  • Administratorem Pani/Pana danych osobowych jest Instytut Immunologii i Terapii Doświadczalnej im. Ludwika Hirszfelda Polskiej Akademii Nauk we Wrocławiu, ul. Rudolfa Weigla 12, 53-114 Wrocław
  • Z administratorem danych osobowych można kontaktować się listownie na podany w pkt 1 powyżej adres, lub telefonicznie pod numerem telefonu 71 3709940, zaś z wyznaczonym przez niego inspektorem ochrony danych można się kontaktować we wszystkich sprawach dotyczących przetwarzania danych poprzez konto e-mail: lub listownie na adres siedziby.
  • Dane osobowe będą przetwarzane celu realizacji zadań administratora związanych z przeprowadzeniem rekrutacji do projektu badawczego pt. „Elementy maszynerii obróbki antygenu HLA klasy I jako czynniki zaangażowane w patomechanizm i przebieg endometriozy” realizowanego na zlecenie Narodowego Centrum Nauki (grant nr 2021/43/B/NZ5/00328) oraz do Wrocławskiej Szkoły Doktorskiej Instytutów Polskiej Akademii Nauk, tym samym Pani/Pana dane osobowe będą przetwarzane na podstawie ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce (art. 6 ust. 1 lit. c RODO), prawnie uzasadnionego interesu Administratora związanego z realizacją projektu badawczego (art. 6 ust. 1 lit. f RODO) oraz w związku z ich niezbędnością do zawarcia umowy stypendialnej NCN (art. 6 ust. 1 lit. b RODO).
  • Podanie przez Panią/Pana danych osobowych jest dobrowolne, ale niezbędne do realizacji wskazanych powyżej celów.
  • Dane osobowe zgromadzone w obecnym procesie rekrutacji będą przechowywane przez okres rekrutacji.
  • Osobie, której dane są przetwarzane przysługuje prawo do: dostępu do danych osobowych, żądania sprostowania danych osobowych, żądania usunięcia danych osobowych, żądania ograniczenia przetwarzania danych osobowych, wyrażenia sprzeciwu wobec przetwarzania danych ze względu na szczególną sytuację.
  • Osoba, której dane są przetwarzane ma również prawo wniesienia skargi do Prezesa Urzędu Ochrony Danych Osobowych, w wypadku uznania, że Administrator naruszył przepisy o ochronie danych osobowych.
  • Wskutek przetwarzania nie będą podejmowane decyzje w sposób zautomatyzowany (bez udziału człowieka), w tym również nie będą oparte o profilowanie.
  • Dane osobowe mogą być udostępniane naszym upoważnionym pracownikom, podmiotom przetwarzającym, tj. dokonującym czynności na nasze zlecenie (np. usługi informatyczne, księgowe), zaś dane osobowe wybranego w konkursie Kandydata mogą zostać następnie udostępnione podmiotom trzecim uprawnionym z mocy przepisów prawa.