INSTYTUCJA: Instytut Immunologii i Terapii Doświadczalnej Polskiej Akademii Nauk im Ludwika Hirszfelda PAN

MIASTO: Wrocław

STANOWISKO: Doktorant w projekcie badawczym NCN

DYSCYPLINA NAUKOWA: nauki biologiczne

DATA OGŁOSZENIA: 31.05.2022 r.

TERMIN SKŁADANIA DOKUMENTÓW: 30.06.2022 r.

DATA ROZSTRZYGNIĘCIA KONKURSU: 20.07.2022 r.

LINK DO STRONY WSD IPAN: http://wsdipan.intibs.pl

LINK DO STRONY IITD PAN: www.hirszfeld.pl

SŁOWA KLUCZOWE: endometrioza, obróbka antygenu HLA klasy I, aminopeptydazy siateczki śródplazmatycznej ERAP1, ERAP2 oraz LNPEP.

 

Wrocławska Szkoła Doktorska Instytutów Polskiej Akademii Nauk ogłasza rekrutację specjalną na doktoranta oraz stypendystę w projekcie badawczym pt. „Elementy maszynerii obróbki antygenu HLA klasy I jako czynniki zaangażowane w patomechanizm i przebieg endometriozy”, realizowanego na zlecenie Narodowego Centrum Nauki (grant nr 2021/43/B/NZ5/00328) w Laboratorium Immunogenetyki i Immunologii Tkankowej, w Instytucie Immunologii i Terapii Doświadczalnej Polskiej Akademii Nauk we Wrocławiu.

Oferujemy pracę w specjalistycznej placówce badawczej, umożliwiającej uzyskanie stopnia doktora nauk biologicznych.

.

  1. Opis projektu badawczego

Badania oraz praca doktorska będą realizowane w ramach projektu badawczego: „Elementy maszynerii obróbki antygenu HLA klasy I jako czynniki zaangażowane w patomechanizm i przebieg endometriozy” realizowanego na zlecenie Narodowego Centrum Nauki (grant nr 2021/43/B/NZ5/00328).

Streszczenie projektu:

Endometrioza jest wyniszczającą chorobą ginekologiczną, definiowaną jako obecność komórek endometrium w nieprawidłowej lub ektopowej lokalizacji poza jamą macicy. Najczęściej dotknięte miejsca to otrzewna miednicy, jajniki, więzadła maciczno-krzyżowe i przegroda odbytniczo-pochwowa. Nieprawidłowa tkanka reaguje na stymulację hormonalną, podlega cyklicznemu wzrostowi i złuszczaniu się podobnie jak odpowiednio zlokalizowana tkanka endometrium w macicy. Typowe objawy endometriozy to: bolesne miesiączki i owulacja, silne skurcze miednicy, obfite krwawienie, ból podczas seksu, oddawaniu moczu i bóle jelit, krwawienie i ból między miesiączkami. Endometrioza występuje u około 10–15% kobiet w wieku rozrodczym, u 20–50% kobiet z niepłodnością i 71–87% kobiet z przewlekłym bólem miednicy. Na diagnozę kobiety czekają średnio 8–10 lat. Podstawową metodą rozpoznawania endometriozy jest laparoskopia (zwana złotym standardem), polegająca na wycięciu zmian endometrialnych. W leczeniu objawowej endometriozy stosuje się hormonoterapię i leki przeciwbólowe, jednak endometrioza często powraca. Dlatego ważne jest kompleksowe i zindywidualizowane podejście do pacjentki oraz znalezienie nieinwazyjnego markera diagnostycznego choroby. Zaproponowano wiele teorii wyjaśniających patogenezę endometriozy. Za najbardziej akceptowaną uważa się teorię Sampsona dotyczącą wstecznej miesiączki. Teoria ta zakłada, że ​​endometrioza występuje z powodu wstecznego przepływu komórek endometrium przez jajowody podczas menstruacji. Jednak wykazano, że proces ten zachodzi u 90% kobiet, podczas gdy endometriozę rozpoznaje się tylko u 10% z nich. Oznacza to, że musi istnieć mechanizm, który blokuje układ odpornościowy kobiety przed usuwaniem komórek endometrium, zaburza jego funkcję, prowadząc do zagnieżdżenia się ektopowego endometrium i powstania zmian. Celem tego projektu jest zbadanie roli polimorfizmów genów i ich produktów białkowych zaangażowanych w tzw.: „procesowanie” antygenu HLA klasy I - ERAP1, ERAP2, LNPEP, TAP1, TAP2, LMP2, LMP7, LMP10 i tapazyny w endometriozie. Być może polimorfizm proponowanych genów wpływających na ekspresję białek, ich aktywność i swoistość substratową może mieć związek z predyspozycją do endometriozy i jej ciężkością. Allele HLA klasy I będziemy badać na poziomie wysokiej rozdzielczości metodą NGS. Planujemy również zbadać wybrane mikroRNA jako negatywne regulatory ekspresji proponowanych cząsteczek, jak i status metylacji promotora wybranych genów. Przebadamy 500 pacjentek z endometriozą i 600 kobiet kontrolnych bez endometriozy. Ponadto, metodami immunohistochemicznymi będziemy badać ekspresję tych białek i HLA klasy I w tkankach dotkniętych ektopowym endometrium, a także ekspresję odpowiednich miRNA metodą Real-Time PCR. Niemożność tworzenia prawidłowych kompleksów HLA klasy I z odpowiednimi peptydami może skutkować brakiem odpowiedzi immunologicznej komórek CD8 + i NK, przyczyniając się do implantacji ektopowego endometrium i rozwoju endometriozy. Jak dotąd w bazie PubMed nie ma badań o roli polimorfizmu genetycznego i ekspresji białek z tzw. „maszynerii obróbki antygenu” w tkankach z ektopowym endometrium. Ponieważ istnieją badania potwierdzające złuszczanie z powierzchni komórek prozapalnych receptorów cytokin, takich jak TNFRα przez ERAP, chcemy również sprawdzić, jak poziom tych aminopeptydaz wpłynie na status pro- i przeciwzapalny pacjentek z endometriozą. Zbadamy poziom ERAP1, ERAP2 i LNPEP oraz profil pro- i przeciwzapalny w osoczu pacjentek i płynie otrzewnowym. Stężenie aminopeptydaz będzie badane metodą ELISA, natomiast poziom cytokin pro- i przeciwzapalnych poprzez badanie wielu cytokin naraz na aparacie Luminex. W następnym etapie badań określimy ekspresję HLA klasy I na komórkach CD8 + i NK we krwi obwodowej (metodą cytometrii przepływowej), aby sprawdzić, czy ekspresja HLA klasy I jest zmieniona u pacjentek w porównaniu ze zdrowymi kobietami. Chcemy również pogłębić analizę polimorfizmów genu HLA-G w 3'UTR (metodą sekwencjonowania), które mogą wpływać na wiązanie miRNA, prowadząc do zwiększonej degradacji mRNA i zmniejszonej produkcji HLA-G. Dlatego zbadamy również poziom rozpuszczalnej cząsteczki HLA-G w osoczu pacjentek oraz w płynie otrzewnowym. Być może nasze badania przyczynią się do zrozumienia mechanizmów związanych z rozwojem endometriozy, a tym samym pomogą w leczeniu tych pacjentek. Zastosowanie inhibitorów ERAP wydaje się być obiecującą metodą leczenia w przypadku stwierdzenia nadekspresji tych białek. W końcowym etapie projektu planujemy stworzenie algorytmu przewidującego (na podstawie wyselekcjonowanych immunologicznych czynników genetycznych i białkowych) u pacjentek czy rozwinie ona postać łagodną czy zaawansowaną choroby. Algorytm ten powstanie z użyciem metod sztucznej inteligencji i uczenia maszynowego.

  1. Warunki jakie powinien spełniać Kandydat:
  • Do konkursu przystąpić może jedynie osoba nieposiadająca stopnia naukowego doktora i nie będąca uczestnikiem szkoły doktorskiej;
  • Do konkursu może przystąpić osoba, która uzyska tytuł magistra biologii lub biotechnologii przed 1.10.2022 r.
  • Mile widziana osoba ze znajomością metod biologii molekularnej oraz testu ELISA.
  1. Podstawy prawne rekrutacji

Rekrutacja prowadzona jest zgodnie z ustawą z dnia 20 lipca 2018 r. Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce, Zasadami Rekrutacji do Wrocławskiej Szkoły Doktorskiej Instytutów Polskiej Akademii Nauk oraz - w odpowiednim zakresie - Regulaminem przyznawania stypendiów naukowych w projektach badawczych finansowanych ze środków Narodowego Centrum Nauki z dnia 14.03.2019 r., którego aktualny tekst jednolity stanowi załącznik do uchwały Rady Narodowego Centrum Nauki nr nr 25/2019 z dnia 14 marca 2019 r.

  1. Kryteria oraz sposób oceny Kandydatów:

Podczas rekrutacji zostanie przeprowadzona ocena Kandydata odpowiednio do kryteriów ustalonych dla naboru do Szkoły Doktorskiej oraz w zakresie umożliwiającym przyznanie stypendium naukowego NCN, przy uwzględnieniu całościowej oceny przydatności Kandydata do realizacji zadań przewidzianych w projekcie badawczym pt. „Elementy maszynerii obróbki antygenu HLA klasy I jako czynniki zaangażowane w patomechanizm i przebieg endometriozy”

  1. Obowiązki Doktoranta:
  • Genotypowanie ERAP1, ERAP2, LNPEP (22 SNPs) u 500 kobiet z endometriozą i 600 kobiet kontrolnych metodą Real-Time PCR.
  • Testy ELISA dla ERAP1, ERAP2, LNPEP w osoczu i płynie otrzewnowym 100 kobiet chorych i 100 zdrowych.
  • Przygotowywanie próbek DNA do badania HLA klasy I metodą NGS.
  • Badanie metylacji wybranych genów.
  • Opracowywanie wyników badań w celu sprawozdań i prezentacji wyników na konferencjach naukowych.
  1. Stypendium:

Doktorant otrzymywał będzie stypendium doktoranckie ze środków Narodowego Centrum Nauki na podstawie ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. Prawo o szkolnictwie wyższym i  nauce (Dz. U. z 2018 r. poz. 1668 z późn. zm.) oraz na podstawie Regulaminu przyznawania środków na realizację zadań finansowanych przez Narodowe Centrum Nauki w zakresie projektów badawczych, stanowiącego załącznik do uchwały Rady Narodowego Centrum Nauki  nr 49/2020 z dnia 29 kwietnia 2020 r. w sprawie zmiany Regulaminu przyznawania środków na realizację zadań finansowanych przez Narodowe Centrum Nauki w zakresie projektów badawczych i Regulaminem przyznawania stypendiów naukowych w projektach badawczych finansowanych ze środków Narodowego Centrum Nauki z dnia 14.03.2019 r.

Orientacyjna wysokość stypendium doktoranckiego ustalona zgodnie z art. 209 ust. 1 ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. (Dz. U. z 2018 r. poz. 1668 z późn. zm.) aktualnie wyniesie:

  1. 2371,70 zł brutto miesięcznie do miesiąca, w którym zostanie przeprowadzona ocena śródokresowa doktoranta w szkole doktorskiej,
  2. 3653,70 zł brutto miesięcznie po miesiącu, w którym została przeprowadzona ocena śródokresowa doktoranta w szkole doktorskiej.

Stypendium doktoranckie wypłacane będzie po odliczeniu wszystkich składników, zgodnie z obowiązującymi przepisami. W szczególności ze środków przeznaczonych na stypendium doktoranckie powołanym Regulaminem pokryte zostaną koszty obowiązkowego ubezpieczenia społecznego oraz - na wniosek - koszty ubezpieczenia chorobowego.

  1. Złożenie podania:

Podania kandydatów o przyjęcie do Szkoły należy składać do dnia 30.06.2022 r. do godz. 15:00:

  • osobiście w siedzibie Szkoły (INTiBS PAN ul. Okólna 2 we Wrocławiu) w godzinach od 9:00 do 15:00, albo
  • elektronicznie na adres (z dopiskiem rekrutacja ENDO), oryginały dokumentów należy dostarczyć przed rozpoczęciem kształcenia.

W celu uzyskania dodatkowych informacji, prosimy o kontakt do dr hab. Izabeli Nowak (e-mail: , tel. 694588061).

  1. Wymagane dokumenty:
  • wniosek o przyjęcie do WSD IPAN wraz z oświadczeniem o zapoznaniu się z regulaminem rekrutacji do WSD IPAN;
  • wypełniony kwestionariusz osobowy zawierający listę publikacji naukowych, stypendiów i nagród, listę konferencji, w których brał udział Kandydat wraz z tytułami i autorami wystąpień, zgodnie z dokumentem Zasady rekrutacji do Wrocławskiej Szkoły Doktorskiej Instytutów Polskiej Akademii Nauk na rok akademicki 2022/23;
  • list motywacyjny zawierający krótki opis zainteresowań i osiągnięć naukowych oraz uzasadnienia zamiaru podjęcia kształcenia w szkole doktorskiej;
  • oświadczenie, że w przypadku przyjęcia do WSD IPAN będzie to jedyna szkoła doktorska, w której kandydat będzie się kształcił;
  • odpis dyplomu potwierdzającego ukończenie studiów bądź zaświadczenie o uzyskaniu tytułu magistra biologii lub biotechnologii
  • odpis (kopię) całego indeksu studiów pierwszego i drugiego stopnia (lub jednolitych studiów magisterskich), albo suplement do dyplomu z ocenami z całych studiów, albo potwierdzone przez dziekanat karty ocen studenta ze wszystkich lat studiów,
  • certyfikat znajomości języka angielskiego na poziomie B2 lub wyższym (nie dotyczy kandydatów, którzy zdali egzamin kończący kurs na tym poziomie w toku studiów),
  • jeden lub więcej listów polecających (wysłanych bezpośrednio na podany poniżej adres);

_______________

* - niepotrzebne skreślić

  1. Klauzula informacyjna:

Na podstawie art. 13 rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) 2016/679 z dnia 27 kwietnia 2016 r. w sprawie ochrony osób fizycznych w związku z przetwarzaniem danych osobowych i w sprawie swobodnego przepływu takich danych oraz uchylenia dyrektywy 95/46/WE (ogólne rozporządzenie o ochronie danych) (Dz. Urz. UE L 119 z 04.05.2016, str. 1), dalej „RODO", informuję, że:

  • Administratorem Pani/Pana danych osobowych jest Instytut Immunologii i Terapii Doświadczalnej im. Ludwika Hirszfelda Polskiej Akademii Nauk we Wrocławiu, ul. Rudolfa Weigla 12, 53-114 Wrocław
  • Z administratorem danych osobowych można kontaktować się listownie na podany w pkt 1 powyżej adres, lub telefonicznie pod numerem telefonu 71 3709940, zaś z wyznaczonym przez niego inspektorem ochrony danych można się kontaktować we wszystkich sprawach dotyczących przetwarzania danych poprzez konto e-mail: lub listownie na adres siedziby.
  • Dane osobowe będą przetwarzane celu realizacji zadań administratora związanych z przeprowadzeniem rekrutacji do projektu badawczego pt. „Elementy maszynerii obróbki antygenu HLA klasy I jako czynniki zaangażowane w patomechanizm i przebieg endometriozy” realizowanego na zlecenie Narodowego Centrum Nauki (grant nr 2021/43/B/NZ5/00328) oraz do Wrocławskiej Szkoły Doktorskiej Instytutów Polskiej Akademii Nauk, tym samym Pani/Pana dane osobowe będą przetwarzane na podstawie ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce (art. 6 ust. 1 lit. c RODO), prawnie uzasadnionego interesu Administratora związanego z realizacją projektu badawczego (art. 6 ust. 1 lit. f RODO) oraz w związku z ich niezbędnością do zawarcia umowy stypendialnej NCN (art. 6 ust. 1 lit. b RODO).
  • Podanie przez Panią/Pana danych osobowych jest dobrowolne, ale niezbędne do realizacji wskazanych powyżej celów.
  • Dane osobowe zgromadzone w obecnym procesie rekrutacji będą przechowywane przez okres rekrutacji.
  • Osobie, której dane są przetwarzane przysługuje prawo do: dostępu do danych osobowych, żądania sprostowania danych osobowych, żądania usunięcia danych osobowych, żądania ograniczenia przetwarzania danych osobowych, wyrażenia sprzeciwu wobec przetwarzania danych ze względu na szczególną sytuację.
  • Osoba, której dane są przetwarzane ma również prawo wniesienia skargi do Prezesa Urzędu Ochrony Danych Osobowych, w wypadku uznania, że Administrator naruszył przepisy o ochronie danych osobowych.
  • Wskutek przetwarzania nie będą podejmowane decyzje w sposób zautomatyzowany (bez udziału człowieka), w tym również nie będą oparte o profilowanie.
  • Dane osobowe mogą być udostępniane naszym upoważnionym pracownikom, podmiotom przetwarzającym, tj. dokonującym czynności na nasze zlecenie (np. usługi informatyczne, księgowe), zaś dane osobowe wybranego w konkursie Kandydata mogą zostać następnie udostępnione podmiotom trzecim uprawnionym z mocy przepisów prawa.